公园建立了《公园重要地质遗迹保护名录》，并针对特殊地质遗迹建立了不同的保护方案：
（一）恐龙化石、硅化木保护措施
开展恐龙遗址馆恐龙埋藏现场防风化保护工程、恐龙探秘馆地质剖面以及恐龙遗址防风化保护工程。自贡恐龙博物馆和凉高山长岭硅化木埋藏厅内，禁止游客进入挖掘区触摸、踩踏、抠挖化石，四周用围栏围护，并以架空栈道的方式组织游览；禁止吸烟，安装排气扇，保证空气清新，以此降低化石风化的速度。青龙山恐龙化石群埋藏现场严格限制游人进入，只允许科学研究和考察人员进入，以保护化石的原真性。保护区可以建设化石挖掘地的保护建筑、化石藏馆、游道等相关旅游设施，严格限制与地质遗迹游赏无关建筑的修建。
（二）盐业遗址保护措施
加强对盐井、天车、灶房等古建、史迹的研究、挖掘和保护，避免现代文化对其造成的冲击。对井盐遗址建筑及天车进行日常维护、抢险排危工程及环境治理。维护修缮吉成井盐业遗址、燊海井盐业遗址，治理井盐遗址地质环境，建设吉成井中国井盐科技园。保护整治散布于大公井景区的多处民居院落，对原有建筑进行适度维修，力求还原大公井片区传统古朴的街区环境。对盐业遗址周边古村古镇的建筑风貌、聚落景观、周边环境应加强保护和引导，改扩建建筑应该与整体环境协调。在艾叶河码头建设盐业文化科普广场，加大盐业遗址保护相关知识的宣传。制定严格有效的措施，切实保护现有盐业遗址。
（三）孑遗植物桫椤群保护措施
加强对珍稀孑遗植物桫椤及其生境的保护。建立桫椤档案数据库，动态监测桫椤生长、发育、繁殖和死亡过程，及时分析数据并采取保护措施。对桫椤保护区内生态环境进行实时监测，准确了解环境质量状况。选择适宜的场地建立桫椤人工培育基地，通过人工繁育和栽培有效增加桫椤数量。对居民加强宣传教育，提高其保护桫椤重要性的认知，同时进行法律知识普及，使公众知晓盗挖和毁坏桫椤是违法行为。严格执行国家有关珍稀濒危物种的保护法规，对触犯法规者绳之以法。
（四）碎屑岩地貌保护措施
公园开发应避免对碎屑岩地貌景观造成建设性破坏。对游客容易接触到的保护点，实行围栏保护，严禁游客靠近、触摸、乱刻等行为。相关配套设施建设禁止破坏景观，且在体量、造型和色彩等方面，与周围景观和环境相协调。
